Το Μουσείο Ελιάς Βουβών έχει το μεγάλο προνόμιο να βρίσκεται δίπλα στο Μνημειακό δένδρο της Ελιάς των Βουβών, το αρχαιότερο δένδρο ελιάς στον κόσμο, το οποίο επισκέπτονται σήμερα 20.000 περίπου άτομα ετησίως, από όλο τον πλανήτη, με προοπτική ραγδαίας αύξησης των επισκεπτών. Είναι κηρυγμένο με την 603/17-2-1997 απόφαση του Γενικού Γραμματέα Περιφέρειας Κρήτης «σαν διατηρητέο μνημείο της φύσης, λόγω του ιδιαίτερου αισθητικού, οικολογικού και ιστορικού ενδιαφέροντός του».