Το λιμάνι Χανίων κατασκευάστηκε από τους Βενετούς την περίοδο της αποίκησής τους στην Κρήτη και πιό συγκεκριμένα μεταξύ του 1320 και 1356, και αποτέλεσε σημαντικό κέντρο για την εξυπηρέτηση του βενετσιάνικου στρατιωτικού στόλου, καθώς επίσης και ένα από τα σημαντικότερα εμπορικά λιμάνια της ανατολικής Μεσογείου.

Τον 16ο αιώνα, λόγω της διαφαινόμενης τουρκικής απειλής, τα νέα βενετσιάνικα σχέδια της οχύρωσης της πόλης συμπεριελάμβαναν και το λιμάνι. Κατασκευάζεται το φρούριο στην είσοδο του λιμανιού και το λιμάνι Χανίων ενισχύεται με προμαχώνες, ακόμη και πάνω στον λιμενοβραχίονα.

Στην επόμενη πρώτη περίοδο της τουρκοκρατίας, το λιμάνι συνέχισε να αποτελεί κέντρο εμπορίου. Αρχικά χρησιμοποιούνταν μόνο η δυτική λεκάνη, αφού η ρηχή ανατολική λεκάνη υπέφερε από τις προσχώσεις που δημιουργούσαν τα βρόχινα νερά και οι υπόνομοι. Στα χρόνια της Αιγυπτιοκρατίας εκτελούνται πολλές επισκευαστικές εργασίες που διορθώνουν αρκετά προβλήματα.

Πολύ αργότερα, στα τέλη του 19ου – αρχές του 20ου αιώνα, τα μεγαλύτερα πλοία της εποχής ήταν αναγκασμένα να αγκυροβολούν έξω από το παλιό λιμάνι και στη συνέχεια με βάρκες να προσεγγίζουν την προβλήτα. Έτσι, το παλιό Ενετικό λιμάνι Χανίων σταδιακά εγκαταλείπεται και χρησιμοποιείται το μεγάλο φυσικό λιμάνι της Σούδας, το οποίο μέχρι σήμερα εξυπηρετεί την επιβατική και εμπορική κίνηση της δυτικής Κρήτης.

Σήμερα, το παλιό λιμάνι Χανίων φιλοξενεί στην ανατολική λεκάνη του, μικρά σκάφη και τουριστικά σκάφη αναψυχής.